MTs. Mu'allimin NW Anjani merupakan salah satu Lembaga Pendidikan yang bernaung di bawah Yayasan Pendidikan Pondok Pesantren Syaikh Zainuddin NW Anjani yang didirikan oleh Putri Pendiri organisasi Nahdlatul Wathan, yaitu Ummuna Al-Mujahidah ash-Sholihah Dr. (HC) Hj. Sitti Raihanun Zainuddin Abdul Madjid. Madrasah ini didirikan sebagai bagian dari upaya pengembangan pendidikan yang berlandaskan pada nilai-nilai keagamaan dan kebangsaan yang diusung oleh organisasi Nahdlatul Wathan (NW). Sejarah berdirinya madrasah ini berkaitan erat dengan visi dan misi yang diwariskan oleh pendiri Nahdlatul Wathan, TGKH. Muhammad Zainuddin Abdul Madjid, setelah beliau wafat. Dalam rangka memperluas akses pendidikan bagi masyarakat, MTs. Mu'allimin NW Anjani didirikan untuk menjadi lembaga pendidikan yang tidak hanya mengajarkan ilmu agama, tetapi juga memberikan dasar pengetahuan umum yang relevan dengan perkembangan zaman.
       MTs. Mu'allimin NW Anjani didirikan dengan semangat untuk terus menjaga dan meneruskan cita-cita pendiri Nahdlatul Wathan dalam mencetak generasi yang berakhlak mulia, cerdas, dan berwawasan luas. Madrasah ini juga berupaya untuk mengintegrasikan pendidikan agama dengan pendidikan umum untuk mencetak siswa yang tidak hanya unggul dalam bidang agama, tetapi juga mampu bersaing di berbagai bidang kehidupan. Dengan dukungan dari warga Nahdlatul Wathan MTs. Mu'allimin NW Anjani terus berkembang dan memberikan kontribusi positif dalam dunia pendidikan di daerah Anjani, Nusa Tenggara Barat.