Tahfizh
Program Tahfizh Al-Qur'an di MTs. Mu'allimin NW Anjani adalah salah satu program unggulan yang dirancang untuk mendidik dan mengembangkan kemampuan santri dalam menghafal Al-Qur'an dengan baik dan benar.
Kitab Kuning
Program Kitab Kuning di MTs. Mu'allimin NW Anjani merupakan salah satu program pendidikan yang bertujuan untuk memperkenalkan dan mengajarkan kitab-kitab klasik (kitab turats) yang menjadi referensi utama dalam pembelajaran ilmu agama Islam. Kitab-kitab ini umumnya berisi ajaran tentang fiqh, tauhid, tasawuf, dan tafsir yang dikarang oleh ulama-ulama besar Islam pada masa lampau.
Olimpiade/KSM
Program Olimpiade atau Kompetisi Sains Madrasah (KSM) di MTs. Mu'allimin NW Anjani merupakan program yang dirancang untuk mengembangkan kemampuan siswa dalam bidang sains, matematika, dan bidang akademik lainnya melalui kompetisi yang dapat memacu semangat belajar dan berprestasi.